Metode Pengelolaan MBS MAS MANSYUR NGAWI :

1. Pengelolaan MBS MAS MANSYUR NGAWI dibawah PCM Widodaren Ngawi yang membentuk Struktur tertinggi disebut DPP (Dewan Pertimbangan Pesantren). Secara Pengelolaan MBS Mas Mansyur Ngawi seperti dalam Struktur dibawah ini  :
2. Dewan Pertimbangan Pesantren (DPP) MBS Ngawi bertanggung jawab penuh terhadap pengawasan Keuangan, Sistem Pendidikan, dan Pembangunan Pondok. Direktur sebagai Pelaksana Kebijakan dari DPP dalam proses pendidikan dan Kepondokan

Wakil Direktur (WADIR) yaitu :

1. Wadir Membantu Direktur Sebagi Koordinator Kepala Sekolah, Koordinator Kepala Bagian, dan pelaksana tugas harian direktur serta Bertanggungjawab terhadap proses pendidikan di  pesantren dan sekolah kepada Direktur
2. Kepala Sekolah bertanggung jawab kepada Direktur dan sebagai penanggung jawab terhadap proses pendidikan formal SMA dan menjalin komunikasi dengan Dinas Pendidikan Provinsi Jawa Timur.

Kabag Kem’ahadan: Bertanggungjawab terhadap segala kegiatan santri selama berada di asrama, terkait kedisiplinan, ibadah, bahasa, dan lain-lainnya.
Kabag Bidang Rumah Tangga:   Bertanggunjawab terhadap segala kebutuhan rumah tangga, sarana prasarana pesantren.
Kabag Bidang Ekonomi Pesantren: Bertanggung jawab terhadap pengelolaan unit usaha untuk pengembangan ekonomi produktif di pesantren.
Kabag Sarpras/Rumah Tangga : Bertanggung jawab terhadap pengelolaan dan pengembangan sarana ma’had serta segala kebutuhan rumah tangga, sarana prasarana pesantren
Kabag Kehumasan : Bertanggung jawab terhadap kehumasan dan komunikasi Ma’had dengan stake holder