Agenda mingguan:

• Pidato Bahasa Arab, Inggris, Indonesia; diikuti oleh semua santri, dijadwal secara bergantian, ada juga yang ditunjuk. Setia santri wajib membuat naskah pidato, jika pada saat tiba giliran atau ditunjuk, maka santri tersebut harus berpidato didepan semua santri.
• Tahajjud Jamaah; seminggu sekali, santri Muhammadiyah boarding school melaksanakan sholat tahajjud berjamaah. Kegiatan ini berlaku untuk semua santri.
• Ahad bersih; setiap hari ahad seluruh santri berbagi tugas untuk membersihkan kompleks sekitar asrama Muhammadiyah Boarding School.

Agenda bulan:

• Bulan Juli diadakan pekan perkenalan masa orientasi sekolah usbu’ ta’aruf. Tempat pelaksanaan di sekolah dan asrama BRIMOB / DODIKLAPUR – DEPO.
• Agustus, diadakan Tracking Hizbul Watan (HW), yakni menyusur jejak pada malam hari menuju pos-pos yang telah disediakan, serta menyelesaikan tugas dari masing-masing pos.
• September, diadakan out door class. Kegiatan ini berbentuk kunjungan studi wisata.
• Oktober, setelah melalui Ujian Tengah Semester, akan diadakan kegiatan PENSI- Pentas Seni Santri- Panggung Gembira.
• November, santri memasuki masa tenang untuk menghadapi Ujian Akhir Semester.
• Desember, setelah masa Ujian Akhir selesai, akan diadakan pergantian pengurus organisasi santri yang disebut dengan KAUM
• Januari, santri kelas XII mulai konsentrasi fokus kepada pembelajaran materi Ujian Akhir Sekolah dan Nasional yang diadakan pada bulan Maret-April. Sedangkan santri kelas XI akan diuji kenaikan tingkat Taruna Melati Hizbul Watan.
• Februari, dapat diadakan kegiatan perkemahan HW, pesertanya terdiri dari kelas X, dan panitianya terdiri dari santri kelas XI. Perkemahan HW menjadi salah satu Agenda kegiatan tahunan santri.

Agenda kegiatan tahunan:

Salah satu kegiatan tahunan siswa MBS Mas Mansyur Ngawi adalah Perkemahan Hizbul Wathan yang merupakan salah satu puncak kegiatan kepanduan Hizbul Wathan sebagai kegiatan intrakurikuler. Perkemahan Hizbul Wathan wajib diikuti oleh seluruh santri Muhammadiyah Boarding School (MBS) Mas Mansyur Ngawi. Pelaksanaan perkemahan Hizbul Wathan pada akhir bulan Maret atau awal bulan April, dilaksanakan selama tiga hari dua malam di bumi perkemahan sekitar Selo ondo atau daerah lain.