Kitab yang digunakan di MBS Mas Mansyur Ngawi merupakan perpaduan antara kitab-kitab klasik dan juga kitab –kitab kontemporer. Dan beberapa materi masih mengambil dari beberapa rujukan kitab klasik yang kemudian dirangkum dan disusun sesuai tema pembahasan.
Contoh beberapa kitab yang digunakan di MBS Mas Mansyur Ngawi adalah : Bidang  Hadits menggunakan Riyadhus Sholihin dan Bulughul marom . Bidang ilmu al quran menggunakan kitab Aisar Tafasir dan juga tafsir Jalalain. Bidang ilmu fiqih menggunakan Mulakhos Fiqhi. Tarikh menggunakan Khulasoh Nurul Yaqin. Aqidah menggunakan KitabTauhid. Sedangkan bahasa arab menggunakan Nahwu Muyassar, Qawaid Shorfiyah, Amtsilah Tasrifiyah, Al’Arabiyah Li Nasiin, dan lain sebagainya.
System pengkajiannya juga menggunakan system perpaduan antara system klasik dan system kontemporer. Ada beberapa materi pelajaran yang masuk di jam sekolah tetapi juga tidak meninggalkan system sorogan di luar jam sekolah.