MBS Mas Mansyur Ngawi menerapkan kurikulum yang sama dengan MBS Prambanan sebagai pembina MBS Mas Mansyur dengan mengkolaborasikan Kurikulum antara Pendidikan Nasional (DIKNAS) dan Kurikulum Pondok Pesantren Modern.
Dengan Kurikulum Diknas dan Pesantren yang terpadu sehingga Mata Pelajaran yang diselenggarakan selama KBM berlangsung mencakup seluruh materi umum dan agama. MBS Mas Mansyur Ngawi memiliki beragam keunggulan yang menjadi ciri khas pesantren, diantaranya : 

1. Memadukan Kurikulum Nasional dengan Kurikulum Pondok Pesantren 
2. Memiliki Program Tahfidz minimal 3 juz .
3. Menggunakan International Language ( Bahasa Arab dan Inggris ) dalam kehidupan sehari-hari di Pesantren
4. Qiroat wa bahsul Kutub
5. Program penyaluran Minat Bakat
6. Potensi individu ( bimbel private )
7. Jam’iyyah / study club ( Hadist, Bahasa Arab dan Inggris )
8. Program Amal Bhakti Santri
9. Program Duta Dakwah Santri